明洪武二十年（1387）、嘉靖三十六年（1557），因海寇骚扰，寺院两度内迁。正德年间（1506-1521）寺一度重建于潮音洞西上。万历初迁回原址，逐年建复。万历十四年（1586）钦赐《藏经》，住持真表建藏经殿，参将候继高树唐阎立本、吴道子绘两块观音像碑于前殿。万历二十六年，寺遭火灾，金石俱焚。地方官惮于倭患，严禁重建。翌年，李太后闻讯，再赐《藏经》，寺僧建复藏经殿。万历三十三年，经太后干预，重建寺院于原寺址麓下宽广处，赐额“护国永寿普陀禅寺”。

清康熙四年（1665），遭荷兰海盗劫掠；康熙十年，再次徙僧。十四年，游民失火，寺毁。康熙二十三年，弛海禁，僧众回山复业。康熙二十八年，朝廷拨帑金鼎新。翌年，定海总兵蓝理延请潮音禅师主持山事，次第建复殿宇。康熙三十八年，康熙帝南巡到杭州，为给皇太后祝禧，遣使赍帑金到山，限期完成未竣之工，赐额“普济禅寺”。雍正九年（1731），发银7万两鼎新山寺，建海印池八角亭、御碑亭等。至此，寺内建成殿10所、堂16所、楼12幢、轩4处，在定海、台州等地建有下院5处。清代名士朱谨《壬午三月到普陀恭颂大寺》诗云:“梵刹标宸翰，巍巍聲岭南。拖云连叠嶂，缩海作空潭。遥集一千二，重参五十三。白华开欲遍，沽取并仙昙。”

新中国成立后（1964），普济寺列为舟山地区重点文物保护单位。1979年3月，驻军腾退，普陀山佛协着手抢修危房，重塑佛像。1983年，国务院列普济寺为全国汉族地区142座重点寺院之一；多年来，佛协对各殿宇进行多次大规模整修，殿堂楼阁焕然一新，倍胜于昔。

寺正山门又称万寿御碑亭，中竖康熙“御制补陀罗迦山普济禅寺碑”，东侧竖明万历二十七年御制“再赐藏经碑”，西侧竖雍正九年“特旨修建南海普陀山普济、法雨二寺碑”。第二重天王殿，殿内四大天王、弥勒、韦陀像均系1984年重塑。天王殿外墙两侧立有当代应行久、唐荣源等捐助功德碑6块。

过天王殿，两侧为钟楼和鼓楼，飞檐琉瓦，巍峨壮观。钟楼上悬挂重7000余斤大铜钟，铸于清嘉庆十二年（1807）。

第三重大圆通殿，单层重檐歇山顶，千人进内而不拥挤，有“活大殿”之称，殿中供高8.8米毗卢观音座像，1981年福建老艺人詹振辉塑；两边观音三十二应身像，1981年浙江美术学院师生塑；中顶挂康熙三十八年御赐“普济群灵”匾；门内西侧关公立像，东侧韦驮立像。

第四重藏经楼，亦名藏经阁，康熙三十六年（1697）建。楼下法堂，供奉消灾延寿药师佛、释迦牟尼佛、阿弥陀佛座像，称“三世佛”。

第五重景命殿即方丈殿，康熙三十六年（1697）重建。中悬康熙御书“狮子窟”匾。

第六重内坛，民国四年（1915）住持了余建，1997年翻建为2层楼。旁有功积堂5间，民国四年以烟霞馆旧址建，用作宾客楼。第七重灵鹫楼，建于1987年。

普济禅寺保存有宋代以来经书、佛像、圣旨、龙袍、玉印以及韩国、日本、东南亚各国馈赠的珍贵文物，现收藏于普陀山佛教博物馆。客堂前悬挂青铜大云板重2000余斤，系康熙二十九年（1690）住持潮音募铸。

普济禅寺鼎盛时期住僧千人。宋代以来，真歇清了、大川普济、一山一宁、孚中怀信、潮音通旭、了余珍道以及妙善心慈等高僧相继驻锡本寺。现任住持为中国佛教协会副会长、普陀山佛教协会会长、中国佛学院普陀山学院院长、普济禅寺方丈道慈大和尚。