慈云寺位于重庆两江（长江、嘉陵江）汇合处的对岸，南岸玄坛庙狮子山。始建于唐代，重建于清乾隆二十二年（公元1751年），原名观音庙。当时重庆八省会馆（云、贵、湘、鄂等省）设有一善堂于内，举办施钱、施粥、义学等救济事宜。1927年，云岩法师（慈云和尚，人称八指头陀）托钵来此，募资重修扩建，成为佛教的十方丛林，更名为慈云寺。

寺院山门右侧俯卧着石刻青狮一座，传是宋代遗物，与隔江市中区白象街的大白象，遥相对峙，俗有“青狮白象锁大江”之说；另一传说为，因其地处羊角滩下、门坎石上，河流水急滩险，时有覆舟之虞，刻此以资镇摄。既象征佛音如狮子吼，震惊愚顽，又体现了狮子山名的独特风貌。可惜的是，原来的那座青狮已在“文革”期中捣毁，现在的这座狮子是一九八二年仿造的。

入门陡升石梯三十余级上月台，便是大雄宝殿。殿内朱门石栏，金色擎柱，雕梁画栋，富丽堂皇。殿檐正中悬挂着当时国民政府主席林森题赠的“大雄宝殿”匾额，左边悬挂国民政府参军长吕超篆书的“法轮常转”，右边悬挂原四川督军刘湘献立的“慈云法苑”等匾，黑漆朱书，耀眼夺目。两侧为高耸入云的钟楼、鼓楼。月台前置有高大的化钱炉一座，对面即护法韦驮的殿宇。

大雄宝殿正中供奉释牟尼大玉佛一尊，系由缅甸迎来，经福元和福通两轮领江向兴发居士于1931年从上海运抵重庆，当时参与迎护玉佛的还有现为美籍华裔寿冶法师和居士颜顺卿、陈忠富等人。佛高一点八七米，宽一点三四米，重三千余斤。是我国现在的最大玉佛之一，庄严肃坐，栩栩如生。（另有同样的三尊玉佛，一在北京团城，一在上海玉佛寺、一在武汉归元寺）佛座两侧绘有十八罗汉像，形态各异。玉佛面前挂着四个圆柱形缎彩绣制的金刚幢，上面用五色金线盘结粘贴而成的《金刚经》全文。精工绣作，世所罕见。

爱道堂建于大雄宝殿左后侧，为女尼等修行居息之处。

大雄宝殿上层为普贤殿，供奉普贤菩萨，并有小玉佛两尊，各高五十厘米，系与大玉佛同时迎请而来。

沿爱道堂左侧拾级而上，半山腰处有游目聘怀，了望广阔的“望江亭”一座，和幽静的小花园，还有金鱼池数个，荷花池一个，池内有精细雕刻的莲花一朵，莲花上立一释迦太子像。围绕着雕塑的九条龙，不断喷出泉水，淋洒在身上，名为“九龙浴太子”。此系根据《释迦谱》记载：释迦牟尼佛在印度兰毗尼园降生时，天空中九龙吐水，沐浴太子之意而塑设。池旁有五十年前自印度移来的菩提树一株，为全川罕有，至今枝繁叶茂，亭亭如盛，笼罩着整个莲花池。关于菩提树来历，据说二千五百年前释迦牟尼佛就是趺坐在菩提树下悟道成佛。尔后，开始在鹿野苑说法，建立佛教。

山顶有大花园，园中有“八功德水”池。系云岩法师扩建此庙时，根据《弥陀经》记载的八功德池，用磨石制成。八功德水者，即谓此水一澄净、二清冷、三甘美、四轻软、五润泽、六安和、七能除烦恼、八能长养善根（见《称赞净土经》及《俱舍论》卷十一）。上有假山、花草、水中荷花盛开，瞻视者深有微妙香洁之感。附近有玲珑别致的曲廊和凭栏览胜的“浩月亭”，最高处为燃灯古佛洞。香蕉林立，芳草丛生。踞高眺望，左可以视长江大桥，横卧于滚滚激流之上，形如“玉带缠龙”；右可以纵观朝天门港口，船只往来如梭，运载络绎不绝；俯视全寺的楼台亭阁，使人有飘渺云端之感。

大殿右厢临江依阁建有楼亭九个，上下两层，四角飞鳌翘立，玲珑般的仙桃点缀于绿瓦之上，两根红柱上的白色宝瓶，撑托亭盖，共计十八个楼亭，隔江遥望，甚为壮观。

邻近“八功德水”池，有一楼一底建筑，其上为藏经楼，原系云岩法师茅篷（即住持住处）至今建筑形状未变。下层为西方三圣殿，供奉阿弥陀佛、观音和大势至菩萨。

韦驮殿两旁楼房为僧众宿舍，右侧直进角楼上两层分别建有观音殿、文殊殿，肃穆庄严。