作为智者大师的菩萨戒弟子——晋王杨广（法名总持），尊师重道，接到遗书后，“跪对修读，摧振于心”，一一答应了大师之请求：“遗旨以天台山下，遇得一处非常之好，垂为造寺。始得开剪林木，位置基阶。今遣司马王弘，创建伽蓝，一遵指画。寺须公额，并立嘉名，亦不违旨。佛陇、头陀，并各仍旧。使移荆州玉泉十僧守天台者，今山内现前之众，多是渚宫之人，已皆约勒，不使张散，岂直十僧而已？所求废寺水田，以充基业，亦勒王弘，施肥良地。”于是，晋王杨广派遣司马王弘，入山创建伽蓝，于智者大师示寂（隋开皇十七年十一月二十四日）后的第三个月，即隋开皇十八年（598）二月二十四日，便已与僧使灌顶、普明等到达了天台山，旋即于初春三月，一一遵照智者大师生前所设计的寺院规划图及大师本意，开始动工建造，历时三年半，于仁寿元年（601）十月前竣工落成。就落成时寺院殿堂的规模气势、寺址的山相来看，推知智者大师在设计寺院规划图与选定寺址时，即有把“国清寺”作为天台宗根本道场的设想及意图，真可谓高瞻远瞩、用心良苦！

寺院落成之初，权因山称，名为“天台寺”，当时晋王杨广已被册封为皇太子。大业元年（605）九月，即天子位（登基）后的隋炀帝杨广，便根据“寺若成，国即清”的宿缘灵瑞，而御赐易名为“国清寺”。对此，灌顶在《国清百录•序》中总结性地写道：“到大隋开皇十八年（598）其岁戊午，太尉晋王，于山下为先师创寺。因山为称，是曰‘天台’。王登尊极，以大业元年（605）龙集乙丑，敕江阳名僧云：‘昔为智者创寺，权因山称，今须立名。经论之内，有何胜目？可各述所怀，朕自详择。’诸僧表两名：一云‘禅门’，二云‘五净居’。其表未奏。而僧使智璪启国清之瑞。敕云：‘此是我先师之灵瑞。即用！即用！’敕取江都宫大牙殿牓，填以雌黄，书以大篆，遣兼内史通事舍人卢政力，送安寺门。‘国清’之称，从而为始。”

此后，国清寺一直被视为天台宗的根本道场，即中国第一个佛教宗派天台宗的祖庭，受到世人的敬仰与朝礼。唐德宗贞元二十年（804），日本求法僧最澄（后称传教大师）来到天台国清寺，从道邃、行满受学台宗教义，回日本后创建了日本天台宗。从此之后，日本天台宗及其后创立的日莲宗等宗派也把国清寺奉为本宗祖庭。宋神宗元丰八年（1085），高丽僧义天（谥号大觉国师）入宋求法，曾往天台山礼诣智者塔，并发愿归国敷扬天台教观，回到高丽后，朝廷为他修建“国清寺”，于此讲说天台教学，学者弟子集逾千人，此举标志着朝鲜佛教天台宗的开宗立制，故朝鲜（韩国）天台宗亦奉国清寺为根本祖庭。天台国清寺的声誉遂远播海外，万里来朝者络绎不绝。诚如张风雷教授在《智顗评传》中所说：“千百年来，在这座闻名天下的大寺（国清寺）中，培养出了一代又一代的中外佛教思想家。他们的佛学思想和佛教实践，不仅推动了中国佛教的繁荣发展，促进了中外佛教的思想交流，而且也充实了整个中国文化乃至世界文化的丰富内涵。从这个意义上来说，国清寺不仅在中外佛教发展史上占有重要的地位，而且在中外文化交流史上也功不可没。正如镌刻在国清寺山门上的一幅楹联所说的那样：古刹著域中，创六代，盛三唐，宗风远播；名山传海外，倚五峰，临二涧，胜迹长新。”

三、国清寺僧团的早期行法

隋大业元年（605）八月，即天子位（登基）后的杨广銮驾辇舆巡幸江都宫。时为天台寺（后改国清寺）住持的智越法师风闻此信，即书以《参启》，派遣智璪为僧使，奉启以闻，出山参贺。九月十九日，僧使智璪到达楚州（今江苏淮安）华林园，遂上了起居万福表、《参启》。九月二十六日，于扬州共诸州僧使引对大牙殿前。十月二十日，再次召见时，由黄门侍郎张衡宣敕问道：“师等是先师之寺僧，众和合不？相诤竞是非不？”由此可知，登基后的杨广对自己菩萨戒师——智者大师示寂后的天台僧团颇为关切，亲自询问僧众和合共住的情况、是否有相互诤竞是非等不良现象。