佛教既认为根（眼、耳等）境（色、声等）相合，才有识的发生，如何又说万法唯识呢？

唯识家认为我们眼识所见的色，耳识所听的声，鼻识所嗅的香，舌识所尝的味，身识所触的坚、湿、暖、动等，都不是事物的本身，而是五识依着五根托外界事物为“本质”而变起的“影像”。所以识有两种功能：一种就是能够变起影像的功能，叫做“相分”；一种是能够了别影像的功能，叫做“见分”。我们的一切知觉无非是自己识上的见分对相分的了别而已。

这种说法，只能说明我们主观对客观世界的反映，并不能说明唯识的道理，因为照唯识家的说法，也必须先有外界事物才有相分，有了相分，才有见分，换句话说，仍然是根境相合才有识的发生，根与境都是离开识而存在的，倒是识不能离开根境而存在。

唯识家主张六识之外，还有两个识——第七末那识和第八阿赖耶识。末那意译为“意”，是第六意识所依之根，它有一个单纯的作用，就是恒常不断地执持“我”的思想。由于“我”的思想，人们在接触外界事物时，便有爱憎、好坏、是非、彼此种种意识活动。阿赖耶意译为“藏识”，它能保藏一切事物的“种子”不使失坏。“种子”在这里是一个借用的名词，它的实际意义是能力，或者是潜势力。阿赖耶藏的种子有两类：一是名言种子，“名言”用现代语说，就是概念。我们前七识所见闻觉知的东西留着印迹于阿赖耶识上面，用唯识家的术语，这叫做“薰习”，好像用香薰衣服，衣服便留着香气那样。薰习所成的便是作为潜势力而存在的种子。二是业种子，就是我们的意识所造的善业、恶业熏在阿赖耶识上的种子。由阿赖耶所藏的二类种子变起现在的五官（根身），外界（器界）以及现起前七识（所以根身、器界都是阿赖耶识所变现，它们是阿赖耶的相分）。这身心宇宙的变起，叫做“现行”（现在的活动）。于是再由现行薰习名言种子和业种子而有未来的身心宇宙的变现。这就是瑜伽系的“阿赖耶缘起论”。