窥基法师之所以能够在奘门大师的弟子们和众多参与大师译场的僧人中脱颖而出，并且被当作慈恩宗的二祖，这一气质和胆略，大概是首要原因。

「弘教立宗」

唐高宗麟德元年（664），玄奘大师圆寂于玉华寺，译业中止。

时年三十三岁的窥基法师回到大慈恩寺，继续从事著述，直至圆寂。十八年间，窥基法师独立弘扬自己所学，维护了玄奘大师所持护法系唯识学的完整性与纯正性，为唯识宗的繁荣做出了卓越贡献。

窥基法师独立弘教的十八年，以地域变迁为线索可分为三个时期：

第一时期，慈恩寺初期。在玄奘大师葬礼之后，窥基法师在长安慈恩寺住锡了七八年，这段时间，正是法师大显身手、夯实唯识宗根基、培养弟子的辉煌时期。窥基法师的大部分著述亦于此期间完成。

第二时期，东行弘教时期。窥基法师离开长安向东，到达太原、五台山以及定州。

第三时期，窥基法师回到了长安，住于慈恩寺。这是法师独立弘法的最后几年。

「示疾圆寂」

永淳元年（682）十一月十三日，窥基法师示疾，圆寂于慈恩寺翻经院。春秋五十一。法腊不详。

十二日四日，窥基法师葬于樊村北渠，祔三藏奘师茔陇焉。太和四年（830）七月，迁塔于平原。

根据《宋高僧传》记载，迁塔时，大家开棺见到窥基法师的牙齿，有四十颗，如玉石一般。众人都惊叹道：这是佛的三十二相之一啊！

“凡今天下佛寺图形，号曰‘百本疏主’。”当时有高宗或者玄宗所制像赞流行，在当时朝野信众中，窥基法师倍受尊崇。

《窥基传》评价窥基法师：性、相义门，至唐方见大备也。奘师为瑜伽唯识开创之祖，基乃守文述作之宗。唯祖与宗，百世不除之祀也。盖功德被物，广矣！大矣！

唯识宗是玄奘大师和窥基法师共同建立的，玄奘大师为“祖”，窥基法师为“宗”。唯识宗以及玄奘大师的思想有赖于此才得以流传开来，并且延续至今。窥基法师对于玄奘大师的全方位继承，是继承玄奘大师事业的弟子中最突出的。