远古时期，在喜马拉雅山脉、雅鲁藏布江上游的阿里地区，史称有名为吉让、叶让、叶色的天神三兄弟，其中叶让生有七个子女，其中最小之子有一子名为亚上吉。亚上吉抢夺了圣部吉让查每（夜叉灰太无血）的妻子，与她生有一子。因此,其子为圣和昆两个部族联姻之子，故取名为亚彻昆巴吉。此后的世世代代族名为“昆”。史载这跟萨迦是同一个祖先的传人。

吐蕃王朝第三十六代赤松德赞时期，此家族中有一子名为昆·华布切。藏王赤松德赞对他的才华极为欣赏，随后将他封为内阁大臣。藏王赤松德赞有“身、口、意”三个得意大臣，并将“嗡、啊、吽”三个种子字的印章分别赐予了他们。昆·华布切获得的是其中的“啊”字印章（语言印章），安曲（藏语音译，意为胜啊）这一词就此始传。

此后又传了几代，有一子名为西绕云丹，其子松南诺布带领家族来到了安多地区，并选定了一处地域辽阔、气候温和的吉祥圆满之地居住了下来。这里与嘉木擦瓦绒（现为四川马尔康一带的嘉绒）相邻，地势优善，前后山势犹如勇猛威武之虎和固执骄傲之牛相互争威，中间如同昂首阔步的大象从旁劝和，满山遍野的花草树木茂盛茁壮、五彩缤纷、芬芳洋溢，天空有满轮盈月和八吉祥所庄严。总而言之，此处具有兴旺僧众、增长闻思修、高僧辈出、桃李满天下的吉祥之相。

查理寺的第一个建筑物“红宫”

在此吉祥圆满的地方，安曲部落安居乐业，统摄了“热”下游的三大部落，创建了有四层的建筑物“红宫”。据说，安曲嘉沃扩建红宫的过程中，绘制一幅多闻天王的壁画时，多闻天王亲自显现并许下了守护寺院的承诺。

四、前身

安曲·嘉沃的侄子索南秋培（公元1743年—1789年）17岁时远涉西藏甘丹寺求学勤修，获得了拉然巴格西学位。他从拉萨学成回乡后，在这里讲经传法，建立了嘎尔青寺，该寺即为安曲查理寺的前身（也叫母寺），索南秋培是第一世安曲仁波切。

五、创建

第二世安曲仁波切于1799年马尔康卓克基诞生，第三世贡唐大师认证为安曲索南秋培的转世。稍长，赴拉萨三大寺，勤学圆满教法，成为了学识渊博的西藏佛教界一代顶级大师级人物。尊者25岁时因授第三世贡唐大师丹贝仲每的教言，在安曲地方创建了一座讲修学院。他以红宫作为大经堂，并迎请了几位三大寺的同参道友护持寺院。当时，这座讲修院名为“卓玛南巴尔结畏林”（意为“度母胜扬林”）。

在红宫的边上有一颗柏树，安曲大师曾背依这棵大树讲经传法。大师的讲经说法不仅令弟子获得了成就，他背依的这颗大树也得到了加持。前几年大树上曾溢流出一种甜蜜的液体，有好奇的孩童们乱抓舔食，诚信的信众们割拾收藏。之后，为了保护圣树，管理会在它的四周围起了铁栏。这棵柏树至今仍保存完好。

安曲大师1823年正式创建查理寺。大师在建大经堂时，一位名为更桑（意为“普贤”）的施工人员从地下挖出了一尊非常神奇的语狮子文殊圣像，并把它呈献给了安曲大师。大师格外高兴，以此缘起，大师把寺院的名字改为“巴尔丹玛喂桑给林”（意为吉祥文殊林）。在《如意树传》中对此说道：“称名更桑普明之，富言妙音文殊尊，殊胜自现自然得，贤劫众生贤机缘”。

六、扩建

第三世安曲仁波切嘉阳钦饶嘉措于1849在马尔康卓克基诞生，7岁时经第三世嘉阳向巴仁波切认定坐床。稍长，即远涉西藏“三大寺”等拜师求学，曾拜十二世达赖喇嘛和第八世班禅为师，习修大小五明和佛教经典，22岁时出任查理寺主持。1911年缔建护法神殿， 1921年扩建大经堂， 1927年新建祭堂， 1934年再次扩建大经堂，使寺院规模不断扩大。