五十年过去，隋朝灰飞烟灭，李唐取而代之。贞观十六年（642），尉迟敬德奉朝廷之命在芦村为二祖慧可建寺。唐开元二十年（732），在寺内建塔，安奉二祖慧可大师灵骨。芦村因慧可大师安葬于此，遂改村名为“二祖村”。

二祖寺的历史沿革：隋开皇十三年（593）三月十六日，慧可大师圆寂；

唐贞观十六年（642），唐太宗李世民敕命大将尉迟敬德在芦村为二祖慧可建寺。唐开元二十年（732），在寺内建塔，安奉二祖慧可大师灵骨。芦村因慧可大师安葬于此，遂改村名为“二祖村”；

唐贞元六年（七九零），唐德宗追赐二祖慧可为“大祖禅师”；

唐天复二年（九零二）、宋嘉祐二年（一零五七），曾两次重新建塔；

宋明道二年（一零三三），钦赐寺名曰“广慈禅院”；

宋元符三年（一一零零），改为今名“元符寺”；鼎盛时期的元符寺，规模浩大，气势宏阔，占地达二百四十余亩。寺前广场有二十亩之广。大殿前两厢各有禅堂一排，可供几百僧人坐禅修行。寺后筑有一座人工土山“二祖山”。住僧成百上千，楼台殿阁雄伟庄严，禅堂寮房错落有致，宝塔高耸，铃铎穿云，晨钟暮鼓，各地僧人参访不绝如缕，香客如云，游人如织。由是，宋元时期这里形成了远近闻名的二祖镇。

清乾隆戊寅年（1758），郭春所书的元符寺碑这样写道：

窃维竺圣垂遗经谱，几渡万载生灵，贞观建阙阁庭，已传千年法象。先朝既留盛制，今世宜接隆规。况玉塔前居，数世常称胜地；朱阁后列，历来时道雄风。廊腰缦回，允矣，元符美景；檐牙高啄，诚哉，磁郡名区。圣像焕然，不负累朝敕修之意；佛阁仍旧，岂愧唐世建立之功。所以刻石传名，流芳万载；立碑记事，致祝将来。

1912年，民国时期，古寺日渐颓废。民国《磁县县志》载：“民国初年，历行新政，多数寺庙改作学校，大半庙产充作学田。和尚道士大遭其殃。及民国二十年，政府颁布寺庙保护条例，僧人寺庙略有保障。而二祖和尚果亮，更组织佛教会，以期阐扬佛法，慈悲普度”一九三八年春，一股土匪从临漳窜到二祖村一带抢掠，放火焚烧二祖舍利塔，致使塔顶跌落，成了一座残塔。两年后的《磁县县志》这样记载：“因年久代湮，无人修理，数里之外，遥见残塔半座，突出林表，殊为可惜”；

民国末年，寺院日渐衰败，时日维艰，众僧星散；

1949年之后，剩下的僧人也逐一还俗，唯有果亮和尚几十年信仰不变，严持净戒，一个人孤孤单单坚守在元符寺，直至生命终了；

一九六六年三月八日的邢台大地震，造成塔基二米往上通体有一八公分宽的裂缝，部分塔体倒塌；

一九六九年六月六日，恰逢佛祖诞辰日。二祖寺殿堂台阁已然无存，塔砖也在三年之中被村民拆光他用，这一天被完全拆除，二祖舍利现世。出现地宫、四壁顶部彩绘，中置石桌，上方石椁、银棺、宝盒，宝盒內盛二祖舍利。同时，还出土了重修二祖塔宋碑和文物。

建国后，在很长时期内，文物胜迹属于四旧，佛教更被列为封建迷信，元符寺以及二祖塔更不可能得到应有的保护与修缮。一九六六年三月八日的邢台大地震，造成塔基二米往上通体有一八公分宽的裂缝，部分塔体倒塌。

一九六九年六月六日，恰逢佛祖诞辰日。二祖寺殿堂台阁已然无存，三年之中，塔砖被村民拆光他用，这一天被完全拆除时，却意外地发现塔基中央是一块八角形的青石板，石板上镶嵌着一个铁环，下面为二祖舍利塔地宫，二祖真身舍利现身。