宝治元年（1247），当时幕府的执权者北条时赖听到道元的名声很是仰慕，乃请道元到镰仓受菩萨大戒。在道元回寺的时候，北条时赖向永平寺施舍领地，道元不受，但他的首座弟玄明却接受了领地的施舍文书。道元为此把玄明驱逐出寺，把施舍文书撕毁，并把玄明常坐的禅榻也捣毁了，据说把榻下的土也挖去七尺。建长二年（1250），当时的后嵯峨上皇闻道元的德誉，十方嘉奖道元的操行，乃赐道元紫衣，道元再三推迟，都无效，不得已而收下，但把它束之高阁，终身未穿。这些都体现了道元乃是遵师如净“莫近国王大臣”的教诲而行。

建长五年（1252）七月，道元54岁，他将永平寺住持之位让给了高足孤云怀奘(1198—1280)，咐嘱大法和传给袈裟。退隐京都上洛养病，八月二十五日，自写遗偈示寂。偈曰：“五十四年，照第一天，打个勃跳，触破大千。咦，浑身无觅，活陷黄泉。”这个遗偈与其师如净的遗偈有类似之处，如净的遗偈：“六十六年，罪犯弥天，打个勃跳，活陷黄泉。咦，从来生死不相干。”遗偈与其师相类似，由此可见道元对师如净之崇敬与怀念之情。

道元示寂后，他的弟子怀奘、诠慧、寒岩义尹（1217—1300）、彻通义介(1219—1309)为曹洞宗的发展作出了贡献，道元的曹洞宗到义介的弟子莹山绍谨（1268—1325）时有了更大的发展，经过代代的子孙弘扬禅法，大大强化和繁荣了道元的曹洞宗。道元所创立的曹洞宗发展到现在，已经成了拥有16000余末寺的大宗派，实为日本佛教大宗门之一，在日本佛教中占有很大的份量。曹洞宗所拥有的信徒据统计约有9百20万以上的人数，可见曹洞宗在日本佛教中的势力之大。而曹洞宗又是以从宋地天童寺学法归来的道元为开山祖师，由此天童寺也就成了日本曹洞宗的祖庭。

（2）、以天童寺的禅林清规为准，制定永平清规

道元不仅传回了天童如净的曹洞宗禅法，还依天童寺当时所遵循的禅林清规，制定了《永平道元禅师清规》二卷，简称《永平清规》。由此道元不仅为日本曹洞宗提出了系统的理论，建立了宗派；在组织上还制定清规，为曹洞宗教团奠定了基础。

所谓清规，就是有关禅院之组织规程及僧众日常生活、寺院管理等方面的制度与规定。清规的制定，可以保证寺院大众的清静，有利于禅宗的生存与发展。它将禅宗僧人的日常生活起居、法事活动、寺院僧职人员的安排与设立等都纳入到了“礼制”的范围之中，以使一切有礼可循，有制可依，实现寺院丛林生活的规范化，清静平等，如法如律。中国禅林的清规，最早有唐代百丈怀海（720—814）所撰述之《百丈古清规》。但到北宋时代古清规已散逸，禅林规则紊乱，而且《百丈古清规》中有很多制度已无法适应日渐庞大的丛林组织的要求，正如宗赜在《禅苑清规》序文中说：“少林消息已是剜肉成疮，百丈规绳可谓新条特地。而况丛林蔓延，转见不堪。加之法令滋彰，事更多矣。”所以宗赜在《百丈古清规》的基础上，又从当时禅宗寺院及社会发展的需要出发，编撰了这部《禅苑清规》。其后，此清规便成为宋元期间最为流行且通行于全国禅宗丛林的清规。

作为五山十刹之一的天童寺，乃是当时中国最有代表的禅宗道场，其修行生活自然是依照当时中国禅林的中心规范《禅苑清规》，道元的师父如净在出家后曾学过南山律，作为一代高僧理所当然也非常重视推行宋地的丛林规范。道元在如净身边二年，深得如净的教导。回国后，自然会依其师所行，将天童寺当时所遵循的宋朝禅林规矩、僧堂生活等移植到日本，而制定永平清规。