福清有座黄蘖山，因当年生长黄蘖树而得名。

黃檗山上黄檗树，风自来去树自长，没想到，一位僧人的到来，引发了一座寺的诞生，进而鼓荡起在佛教界影响深广的千年禅风。

这位僧人，就是得法于曹溪的正干禅师。后来他从曹溪返归，经过这里，见山中多黄檗，顿然想起师父临别时的四字真言：“遇苦即止”。黄檗性苦，为清热解毒之良药。师父所说的修行宝地，应该就在这里呀。于是，他放下行囊，结茅于此。遗留至今的那口唐代古井，似在无声地述说他当年汲水煮泉、开山建寺的历历往事。

关于黄檗树的分布地区，相关植物词典是这样记载的：原产于我国华北、东北和日本。在南方的临海之地，当年居然会出现成片的黄檗林，也算是难得之缘。这样的黄檗林又恰逢“遇苦即止”的禅师，可谓缘上加缘。因缘际会的黄檗寺，似乎注定要起风生云，播雨洒露。正所谓：黄檗寻常苦口，舌翻四海汪洋。

 “气貌奇特，迥异常儿”的希运禅师，当年就是在这里出家的。此后，他游学江西，嗣法于百丈怀海，并在宜丰的鹫峰山筑寺弘法。因酷爱黄檗山，他把鹫峰山也改名为黄檗山。其说法语录《传心要法》，被奉为禅宗发展史上的经典，他创立的黄檗禅法，独树于唐代禅林。其弟子临济义玄正是在他的影响下，于河北临济寺创立临济宗。一派宗风，流布至今。