香积寺，其历史之悠久、文化之深厚、影响之深远、名声之震耳，毫不逊色于东林寺。

香积寺，建于唐高宗永隆二年（681），净土宗祖庭，位于今西安市西南神禾原。善导大师圆寂后，弟子怀恽“想遗烈而崩心，顾余恩而雨面，爰思宅兆，式建坟莹，遂风城南神禾原建崇灵塔，后又于寺院造大奉堵波，周圆200步，直上13级。”香积寺与善导大师的因缘即缘于此塔。

香积寺建成之后，盛况非凡，唐高宗和武则天曾到此礼佛，并赐舍利千余粒。《隆禅法师碑》有记述：

莫不殿堂峥嵘，远模忉利；楼台岌嶪，直写祇园。神木灵草，凌岁寒而独秀；叶暗花明，逾严霜而菲萃，岂直风高气爽，声闻进道之场，故亦临水，面菩萨会真之地。又于寺院造大窣堵波，塔周回二百步，直上一十三级，或临星揆务，或候日裁规，得天帝芳踪，有龙王之秘迹。重重佛事，穷鹫岭之分身；种种庄严，尽昆丘之异宝。

古代文人墨客歌咏香积寺的诗篇不计其数，其中王维《过香积寺》一诗最为著名：

不知香积寺，数里入云峰。

古木无人径，深山何处钟。

泉声咽危石，日色冷青松。

薄暮空潭曲，安禅制毒龙。

香积寺前潏水、滈水交环而过，风景绝佳，古代即是人才荟萃之地。善导大师灵塔在此，祖庭之谓当之无愧。但大师灵塔今已荡然无存，现在寺中的大塔是供奉唐高宗御奉的佛舍利塔，原本十三级，现存十一级。1949年以来，香积寺作为汉传佛教重点寺院经过多次修缮，如今已焕然一新，殿堂规制如法，雄伟壮观，香客游人终年不断，佛事香火亦日盛一日。国际方面，与日本净土宗的道友往来最为密切。香积寺是中日净土宗共同的祖庭，日本净土宗1978、1979年组团来香积寺，捐资修缮香积寺。1980年，中国佛教协会会长赵朴初居士、中国佛协副会长正果法师等139位中国佛教界人士和日中友好净土宗协会副总裁稻冈觉顺等120位日本佛教界人士在香积寺纪念善导大师圆寂1300年。赵朴初居士作长偈一首以赞此殊胜因缘：

惟我大师，乘愿再来，净土法门，应机宏开。五部九卷，妙宣深蕴，能与难信，广生正信。龙门大像，旷古神工，赖公检校，人天永崇。行愿既圆，随缘示寂，千三百年，塔留香积。寂而常照，星曜东方，法然继起，宗风丕扬。四色之莲，七宝之树，法音宣流，甘露普注。善信亿万，同具至诚，六时佛号，千载祖庭。爰结胜因，爰兴盛会，忆念师恩，永矢弗坠。伽蓝斯辟，塔波斯修，海潮迎像，天风送舟。两邦云仍，倶会一处，永敦夙好，同遵祖武。我作此偈，赞古赞今，南山东海，长曜明灯。

这首偈语几乎全面概括了善导大师一生主要贡献与行迹，同时盛赞中日两国净土宗的千载因缘和深厚法谊。

2013年11月12日，日本净土宗门主伊藤唯真长老一行参拜香积寺。伊藤唯真长老致辞说：

如果说佛陀的故乡印度是我的母亲，那净土祖庭香积寺就是我的父亲，这次回到家乡，备感亲切，我将会一如既往地尊敬爱戴我的父亲，而且做更多有价值、有意义的事，争取在两国友好交流史上留下辉煌篇章。

上述祖庭虽然重要，但真正与善导大师有直接关系的祖庭应是悟真寺。这是净土宗成就之地，可谓祖庭中的祖庭，圣地中的圣地。

悟真寺，位于终南山北麓，四周悬崖峭壁，河流山溪环绕，极为清幽，确是绝佳修行地。隋开皇十四年(594)，净业法师奉诏兴建悟真寺；唐开元初，拥有上方北院、上方南院、橡湾竹林寺、山北玉泉寺、山北水陆道场、河湾口华严院，共六大寺院群落，殿宇庭堂4000多间，僧众1000余人，山场田产5000余亩，雄冠南北。