由于明太祖朱元璋曾在皇觉寺出过家，所以明朝的皇帝大多都崇奉佛教。明英宗朱祁镇曾颁赐《永乐北藏》一部于灵岩寺。现存于天王殿东侧的明正统十年（1445）的《皇帝敕赐大藏经圣旨碑》云：

朕体天地保民之心，恭成皇曾祖考之志，刊印大藏经典，颁赐天下，用广流传。兹以一藏，安置山东济南府长清县灵岩禅寺，永充供养。

明宪宗时期，曾下诏将“敕赐灵岩寺”改名为“敕赐崇善禅寺”。成化十五年（1479），当明宪宗接到灵岩寺产受地方侵损严重的报告后，随即下旨予以明确界域、保护寺产。诏书的内容在马大相的《灵岩志》中亦有记载，其文曰：

其界东至朗公山野老庄石门，西至鸡鸣山，南至明孔山，北至神宝寺。山园椒竹土产，遥年买办香烛，足充供养。近被军民人等牧放牛马，斫伐竹木，作践祠垣，殆非妥明灵之意。……一应田地山场园林地产，诸人不许侵占骚扰作践。敢有不遵朕命，故意生事，侮慢欺凌以沮其教，论之以法，故谕。

同时，又对灵岩寺住持进行了新的任命，以提升灵岩寺的地位：“戒坛宗师至珍长老为僧录司右觉义（从八品），仍于寺住持。领众焚修祝赞，为多人造福。今后官员军民诸色人等，不许侮慢欺凌。”

万历二十七年（1599），明神宗因母后施印藏经之愿，刻印成《续入藏经》四十一函后，颁赐一部于灵岩寺，马大相《灵岩志》中载录了这道圣旨：“敕谕山东济南府长清县护国灵岩寺住持及僧众人等……此经颁布之处，本寺僧众人等，其务斋心礼诵，敬奉珍藏，不许亵玩致有毁失，特赐护敕，以垂永久。”

在明朝帝王的护持下，灵岩寺基本沿续了元代的发展盛况。

七、明末、清代及其后之状况

明朝末年，孙化亭聚匪众万余盘踞灵岩，清顺治六年方始清剿完毕。自此，四绝之盛，只成空忆，寺院衰极，亦由此而始也。清代虽有僧众住持，亦间或小有修葺，但颓势难挽，有过一千多年的历史辉煌，曾贵为“四绝”之首的灵岩古刹，随着清朝国运的不断衰落，寺院的发展亦如同深秋落叶，飘摇欲坠。

综上所述，灵岩寺从寺院初创，到明末衰落，历代皆受到帝王不同程度的关心与优待，“好风凭借力，送我上青云”，在此前提下，寺院的住持与高僧们顺应时代，以自己卓越的修行与智慧，秉持“庄严国土，利乐有情”的慈悲情怀，从隋唐开始，使灵岩寺逐步发展成为江北历史重刹。随着寺院的不断发展，以及唐德宗时期宰相李吉甫对灵岩寺“四绝”之一的定位，使得灵岩寺慢慢成为了北方佛教文化的重要中心。