在对特异功能、瑜伽禅定气功的探索中，不少人用现代科学知识，力图解释此类现象，或提出解释此类现象的科学假说。不但禅定治病健身益智的效应被从它所引起脑电波的良性变化所说明，即佛学中顿悟、虹化等奥秘，也有了科学解释。如依量子场论，谓每个系统基础中最少激发的真空态——纯无状态，具对该系统的完整知识。又低温物理学中超流体无限相关、完全有序、完全无阻地流动之特性，人在超意识状态下的脑神经也具有，可用来解释瑜伽超觉态及佛家一念不生状态下发生的身心效应，牛实为教授用生物光量子场概念解释大圆满妥噶之虹化现象，用生物场达“绝对零度”（一念不生）时大脑皮层横向联络的固有内明得以显现，解释顿悟和光明定。至于神通、特异功能，则有从量子论、生物场论、多元空间论等角度提出的多种解释。此类解释有的提供了禅定、神通等超心理现象的生理基础或所致生理变化的证据，有的或许未能揭示现象的本质，或许只是一种假说，虽然未必尽契佛法本意，未必称得上圆满的科学理论，但毕竟迈出了科学地解释超心理现象的步伐，提供了理解超心理现象的方便，而佛学之说，对建立解释超心理现象的理论体系，极具启发意义，气功界人体超巨系统多功能态理论和生物全息论的背后，便隐约透露出佛学一心具十法界、一念三千说的影迹。

　　作为对现代科学成果的总结概括和反思、互补，现代西方哲学的思想轨迹，也不乏与佛法相重合之点。现代西方哲学，多以对西方传统唯心主义哲学和近代科学的批判为实质。实用主义、实在论、新实在论、分析哲学、逻辑实证主义、科学哲学、语义学等，各从不同角度否定唯心主义的本体、理念等形而上问题，其中一些学派对认识论的研究成果，颇可与佛学认识论比较。如美国批判的实在论者桑塔亚那等，谓认识关系由外在对象、能知心灵、“感觉与料”构成，心灵不能直觉境物本身，只能达到中介的“感觉与料”，与佛学根境识三缘和合而生识、自心分别自心影像之说不无相近点。分析哲学的维特根施坦，通过对哲学用语的分析，认为哲学旨在清楚地呈现能说的东西，以便显示那最有价值的、不可说的东西，有点近于禅的不可言说。胡塞尔、柏格森皆尚直觉，在一定程度上认识到了理性的局限性，否定传统西方思辨哲学理性的局限性，否定传统西方思辨哲学理性自我限制的方法。存在主义、新托马斯主义、人格主义、唯意志主义、结构主义、哲学人类学等，则从人本主义出发，以被科学忽视的人的存在、人的价值为中心议题，多认为人的问题宜凭直觉体验去把握，表现出一种从自然界和逻辑思辨回归人的存在的趋势，与佛学的出发点和根本立场颇为相合。

　　随现代科学、哲学的深入发展，近代片面尚科学而非宗教的观念在今日已大有过时之势，西方文化人持对宗教与科学双重肯定态度者渐多。如普朗克便说过：“宗教与科学之间，绝不可能存在任何真正的对立，因为二者之中，一个是另一个的补充。”（《科学向何处去》）爱因斯坦自称信仰一种在事物之有序和谐中显示出自身的泛神论意义的上帝。爱丁顿认为宗教的正面证据来自神秘体验，这种体验值得尊重，虽然现代科学并未提供足以代替神秘体验的直接证明，但通过废除堕性物质及严格决定论的陈旧观念，向神秘主义提供了支持，“一个普遍精神即逻各斯的观念，是从科学理论的现状推出来的一个相当有道理的推论。”（《生物学的世界》）至于被西方根多人认为无神论的佛教，更受到如叔本华、尼采、马赫、罗素、荣格、爱因斯坦、海德格尔、弗洛姆等一大批西方文化精英的赞赏。不少西方科学家、哲学家的思想，深受佛学启发。马赫因被引入对佛教的理解而欣慰自庆，其感觉复合说与自我说中不无佛学影响之迹，荣格自称其无意识说受藏密《中阴救度法》之启迪，海德格尔自称铃木大拙的禅，说出了他想要表达的东西。美国心理学家弗洛姆对禅宗与精神分析进行了比较研究，认为对禅的知识及实践能提高精神分析的理论和技术，拓展和深化精神分析者的视野，帮助他们更彻底地洞察本性、把握真实。物理学博土F·卡普拉在其畅销全球的《物理学之道》中，将现代物理学新说与“东方神秘主义”进行比较研究，发现《华严经》哲学与现代物理学的理论模型之间有惊人的相似性，佛教哲学思想表现出与现代物理学的相对论、量子场论等的惊人的平行性，说明东方哲人早已通过神秘直觉认识了世界实相。作者把科学和神秘主义看做人类精神的互补体现，“不能通过一个来理解另一个，也无法从一个推出另一个，两者都是需要的，并月只有相互补充才能完整地理解世界。”在今日世界，禅、禅定、瑜伽已被作为一种心身疗法、气功锻炼法、潜能开发法而被越来越多的人所接受、实践，大量实验报告证实了其治病、健身、益智、改善性格、陶冶性情、提高工作能力等效用。佛学还被应用于电子计算机计划、逻辑学、伦理学、美学、数学、生理学、哲学及企业管理、人才开发、体育竞赛等方面。今天，思想开放、有现代科学知识的人，尤其是通晓尖端科学、西方哲学、关心气功、人体科学的人，往往比缺乏现代知识的佛教徒更易理解佛学，这说明从现代科学的前沿通向佛学，较从常识通向佛学更近，透露出一种科学与佛学可能接轨的信息。

   在现代尖端科学中，以开发人体潜能为旨的人体科学，与佛学的主攻方向可谓相合。如果这一学科得到突破性的进展，可能使整个科学的理论和方法随对人自身认识的深化而全面飞跃，实现自然科学各学科及自然科学与人文科学的统一整合，随这种整体科学的深入发展，佛学的基本观点有可能被全盘证实，使科学在一个新的高度上回归于佛学，其时，佛法可能被世人公认为是一种整体科学。