一行在与善无畏译出《大日经》之后，又以天台教义加以阐发，撰《大日经疏》20卷。第20卷谈到三落叉与天台宗三相、三观的关系，云：

落叉梵音，是相义亦是见义也。我于种种经教中，凡有持诵相应处，多言诵一落叉或三落叉等。或言为除罪障故诵一落叉，极重障者不过三落叉，便得罪业清净。然此义有余，今当决之。所谓落叉者是相也。若得三相当是罪得除也。先明身相，谓身体先时粗重，今则轻安，乃至或行百里千里，迅疾而往不觉劳倦，速疾异常。先时静坐系缘，多为小虫蚊等所恼，今悉不生，无复腻垢可恶之相，广如《大品》中所说，此是身相也。口相者，随有所诵，暂发声时本尊即至。又如《大品》所说，口发诚言，非人不娆于他之类，皆是语业净相也。意亦有殊异相，谓发生无量慧解，如经一月四月分别不尽等，或先时贪嗜如是如是食味，或不得者，身即不安；尔时寂然不复思念，乃至多日不食，恬然得喜悦之味，无余食想，身亦不困；或先多种种烦恼，今皆净息，皆是意净相也。由具此三净相故，名三落叉。

……然上来明离一切相，今说三相，与此云何相应耶？今答：此三相以阿字故，此三字即一相，亦非一亦非异。如天台所解，与此略同。谓一相一切相，非一非一切，即相即无相，即非相非无相，皆是此意也。

如是三相，平等住实相，是三落叉义也。身实相是一落叉，除一切身垢；语真言相是二落叉，除一切语垢；意实相是第三落叉，除一切心垢。三垢除已，三功德生，即是分证如来功德也。……即此三相入阿字门故，离于三相一相平等。如是照见，是三落叉义。［7］

三落叉是梵语，真言宗中有好几种意义：一是指念诵陀罗尼之数。落叉原为数名，十万称落叉。二是依深秘解释，则落叉为相、见之义，即见本尊字（种子）、印（三昧耶形）、形（三平等实相）。这里，一行把真言中的三落叉，与天台宗修法华三昧的论经与数息等联系起来，还把天台宗说的如来示相说法与真言宗三本尊中的字、印、形结合起来，并归纳到《法华经》中的三相（解脱、离相、灭相）。根据《法华经文句》卷7解释：“解脱相者，无生死相；离相者，无涅槃相；灭相者，无相亦无相。”灭相既然达到生死涅槃无相，无相亦无，则即是非有非无的中道。这样，“三落叉”就与天台宗“三相”相通。此外，天台宗的“即空、即假、即中”三观，是远离一切戏论的本不生际，它与真言宗观念“阿”字的方法相同。阿字观有三别：一、声，二、字，三、实相。声观是坐法与印相如常，中每出息唱阿字，其声付意，息息不懈，修时妄相自息，其心寂灭，真智自生，调悉一心本源。字观是先于我身之心中，观圆明月轮，于其中观八叶白色之开莲华及金色之阿字。

真言宗与天台宗的同异，日本证真大师在《天台真言二宗同异章》中，分析得十分清楚。他指出，真言与天台教同、行同、人同、理同。教有七同，即：一、二宗同明一佛乘，二、二经同名秘密藏（《法华经》亦名“一切如来秘要之藏”），三、二经同是圆教义，四、二经同是醍醐味，五、二宗同依《智论》，六、二经同明界外义，七、真言祖师依天台。在谈到“二宗同依《智论》”时，有人怀疑真言并不全依《智伦》，证真肯定地指出：“《大日经疏》释彼宗义，但依龙树《智论》释义，亦以《中论》中道为本。《义释》云：龙树阿阇梨中道正观无生义成云云。天台亦尔，岂可不同耶？”［8］

证真认为，行有五同，即：一、密教观门同《法华》，二、同明中道三观行，三、同明自心成佛行，四、同明速疾成佛行，五、同明即身成佛义。在谈到“同明中道三观行”时，他特别解释道：“《释义》第二云：中道正观即是心佛显现，故曰：正等觉句。又即空即假即中，故曰如实遍知。又第一释方便为究竟云，以中智观之。又云：方便波罗密满足，即是究竟不思议中道。”