明代后期的佛教，最有影响的应是被后人称为“明末四大高僧”的祩宏、真可、德清、智旭四人。四大高僧的主要思想是继承宋以来禅教并重、三教合一的主张：既重禅学，也重义学，更重净土。他们从实践到理论，都在当时的佛教界有着极其重要的影响。

四大高僧都有不同程度的接触过华严学，对于华严教理教义的运用，则各有偏重，在理解上也互有差别。

云栖祩宏（1535~1615）在对《华严经》和华严宗教义的运用上，与其重视忏法法事、灵异神迹以及净土信仰有关。他曾辑录《大方广佛华严经感应传记》一卷，记述汉地从晋至元以及古印度有关奉持《华严经》的神异事迹。此书面向社会宣传崇奉《华严经》的种种神秘功能。另外，由于其信仰西方净土，所以在判教上运用法藏的判教说，将《阿弥陀经》判为顿教，且兼通终教与圆教。

紫柏真可（1543~1603）的主要言行著述收于《紫柏尊者全集》（30卷）中，其曾游历五台，并作有《文殊师利菩萨赞》《礼北台文殊菩萨赞》《蚤春谒李长者著论处》《华严岭寺》等，赞颂圣地、崇拜对象及经典，将圣地灵迹、华严典籍和佛菩萨崇拜结合起来。其对血书或金书《华严经》以求取功德的传统大加赞赏，他认为，书经之类的活动有助于个人的解脱，但其所肯定的乃是诚心而为，不以书经本身为目的功德活动。

对于华严宗教理，真可最为重视的是“法界说”。他认为“夫华严大典，虽文丰义博，实雄他经，然其大义，不过四分、四法界而已”，认为四法界已不是认识问题，而是实践问题，他特别重视四法界中的“事事无碍法界”，并将之落实到实践，他主张“事事无碍”理论，归根到底体现个人于或逆或顺的境遇中都能自由自在，若能信仰、理解、实践和体悟这种理论，就是全部《华严经》的要义。

憨山德清（1546~1628）在对《华严经》及华严宗教义的运用上，鼓励僧俗读诵、书写、礼拜《华严经》，并将之作为祈福消灾、获得个人解脱的有效手段。其对华严义学也非常重视，针对佛教界只重视李通玄著作，轻视澄观著作的现象，编著《大方广佛华严经纲要》八十卷，节要录取澄观的《华严经疏》并附以自己的解释（补义），具有通俗讲解的性质，但没有发挥独到见解。

蕅益智旭（1599~1655）是祩宏、真可、德清思想的继承者，主张儒佛一致。在佛教理论上提倡性相融合，实践上主张禅、教、律三学统一。宣称禅是佛心，教是佛语，律是佛行，同归一念。其在华严思想上没有什么特色，而对华严学方面的重视，主要是对在华严学义理的运用上。如其所著的《大乘起信论裂网疏》中，有运用华严理论来说明问题。

四大高僧在华严学的理解和运用上，或是主张读诵书写《华严经》，或是主张礼拜《华严经》，或是主张将华严义理运用到实践修行中。但是，他们并不是专宗弘扬华严教理、教义，对华严经的义理也都只是简单的理解和运用，这也应该是明末佛教界在华严弘扬上的不足体现。